Il tuo procedimento è giusto, parti con una matrice alta e larga al massimo (usa i medoti altezza e larghezza) e come colore usa quello dello sfondo, poi successivamente aggiungi uno per volta gli edifici, l'ordinamento tuo dovrebbe andare bene.
Per colorare la matrice nella posizione di un rettangolo puoi usare un doppio for con le coordinate X e Y del rettangolo, ricorda che i rettangoli sono tutti appoggiati sulla base, quindi trova la Y, la X ce l'hai, controlli che non superi la base e l'altezza del rettangolo mentre scorri gli indici e colori col colore del rettangolo.