Penso che avrai fatto un metodo per disegnare proprio il rettangolo a livello di pixel. Ecco se lo hai fatto basta che all'interno metti un controllo sulla luminosità del pixel. Ossia per ogni pixel del rettangolo , se il pixel corrente nella matrice è uguale allo sfondo oppure è meno luminoso allora lo colori del colore del rettangolo altrimenti non fai nulla.