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Non esiste un metodo che ti divida magicamente il file in due. Devi separare il crucipuzzle dalle parole leggendo il file una riga alla volta fino a quando non ti imbatti in una linea vuota. Da lì poi puoi dividere il testo in base a come hai organizzato il tuo programma.
Tuttavia possono tornarti utili i metodi str.split() e str.splitlines().