Credo che nei crucipuzzle normalmente non si usino, ma non dovrebbe creare problemi.
Tanto le lettere della parola più grande, se vengono trovate, vengono cancellate comprese quelle della parola più piccola.
EDIT: in uno dei file dei crucipuzzle ho trovato un paio di parole una prefisso dell'altra.
Quindi sì, possono esserci (e finalmante ho scoperto perchè non passavo tutti i test )