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Rispondo facendo un esempio:
http://prntscr.com/h94acc nella Ist 3 si riscontra il problema che dici tu.
è possibile individuare un quadrato del genere (quello contornato in viola): http://prntscr.com/h94ax6 oppure uno del genere: http://prntscr.com/h94cdi (pixel in più, pixel in meno). In questi casi, devi prendere in considerazione quello più grande, ovvero (in questo esempio) il secondo. Perciò se una serie di pixel sono comuni a due quadrati, devi considerare gli stessi pixel due volte e "calcolare" quale dei due quadrati ottenuti è più grande.