Confronta le matrici che generi con quelle attese che trovi nello zip, come suggerisce Exyss, ma se dovessero combaciare, il problema è nella "seconda parte" del programma, quello in cui calcoli c(A|B) e c(B|A) e poi calcoli con la formula.
Verifica che c(A|B) e c(B|A) siano calcolati bene, basta che prendi (o inventi) un paio di sequenze di 1 e 0, come se fossero due linee della matrice, calcoli a mano c(A|B) e c(B|A) e poi copi-incolli il codice che hai implementato per i confronti in uno script a sé stante, che prenda in input le due sequenze che hai calcolato a mano, faccia i confronti e li restituisca. Se i confronti fatti dal programma hanno lo stesso risultato dei confronti fatti a mano da te, allora chiaramente il metodo che hai usato funziona, quindi il problema è da ricercarsi altrove.
Ancora: che metodo usi per approssimare a 6 cifre decimali la media? Ricordati poi che la media è l'unico valore a cui devi applicare l'approssimazione.
Spero di averti aiutato.