Trovare il numero di sovrapposizioni è una buona partenza, ti può servire per costruire una bozza di gerarchia, ma non basta.
Dopo aver capito quanti rettangoli stanno davanti al rettangolo X ti serve una logica ricorsiva per capire quali altri rettangoli gli stanno davanti "complessivamente" (anche se non li interseca direttamente per capirci).
Altrimenti se trovi N rettangoli con lo stesso numero di sovrapposizioni "a sfavore" non hai modo di dire chi va disegnato prima e chi dopo.