Non devi ordinare niente. Devi leggere le righe dei file, ottenere le sequenze complete, vedendo come finiscono e come iniziano le successive; ad esempio se hai:
1 2 3 4 5
2 3 8
5 89 9
8 1
8 7 27 13
come risultato finale avrai tre sequenze : [1 2 3 4 5 89 9] e [2 3 8 1] e [8 7 27 13] che dovrai scrivere a 5 a 5 e ogni numero distanziato dall'altro da uno spazio, lasciando una riga fra due sequenze. Ovvero:
1 2 3 4 5\n
8 9 9\n
\n
2 3 8 1\n
\n
8 7 27 13\n