Quell'errore significa che hai scritto nel file un tipo diverso di dati (ad esempio interi al posto di stringhe).
I vari file "JsonInput" contengono coppie di interi, o di stringhe, quindi ti consiglio di prendere i valori delle tuple d'ingresso così come sono, e di non modificarli durante lo svolgimento.
Quanto alle parentesi quadre del risultato, sì, sono tuple, ma la codifica del Json usa le parentesi quadre sia per le liste che per le tuple quando scrivi su un file (trasforma entrambi in array json).
Sul file JsonOutput devi scrivere un dizionario che ha come chiavi le radici degli alberi (che possono essere stringhe o interi), e come valori, per ogni radice, la tupla contenente l'altezza dell'albero (scritta come intero), e la lista delle foglie di quell'albero (stringhe o interi), ordinata in ordine crescente.